א. המחלקה לניטור וסקרים - מטפלת באיתור חדירת נגעים חדשים
לארץ ניטורם והטיפול בהם ובמעקב אחר נגעים קיימים בארץ עפ"י
דרישות מדינות יעד לתוצרת חקלאית ישראלית. כן עוסקת המחלקה
בפרויקטים מיוחדים, כדוגמת ערבה נקיה ופרוייקט הזה"ב ותכניות
הדברה שונות.
באחריות המחלקה פועלת המעבדה לאנטומולוגיה הנותנת שרותי
איבחון וזיהוי חרקים ופרוקי רגליים אחרים.
ב. המחלקה לביקורת זרעים ושתילים - עוסקת בכל הקשור בפיקוח
על ייצור זרעים רגילים ומושבחים ואישורם לשיווק בארץ ובחו"ל
ובמעקב אחר יבוא זנים לא רשומים לארץ, כמו גם פיקוח על
משתלות עצי פרי כמתחייב ע"פ חוק הזרעים.
ג. המחלקה לאינטרודוקציה - מטפלת באיקלום זנים חדשים
מיובאים בעלי פוטנציאל סיכון גבוה לחקלאות ולערכי טבע בישראל,
כולל בדיקת ניקיונם ממחלות ומזיקים שונים. בנוסף, מטפלת המחלקה
באישור וסימון של חומר ריבוי בגידולים שונים עפ"י דרישות החוק.