יעוץ בנושאי נגעי צמחים, תיעוד מצאי נגעי הצמחים (בעלי חשיבות כלכלית) בישראל, כולל   סקרי ניטור, בדיקה איכותית וכמותית לשם גילוי חומר צמחי שעבר הנדסה   גנטית, ניהול הועדה הראשית לצמחים מהונדסים (ורצ"מ ), מתן הכרה למעבדות חיצוניות העוסקות באיבחון נגעי צמחים.
שרותי האיבחון ניתנים במספר מעבדות, המאבחנות מחלות צמחים
הנגרמות ע"י פטריות, בקטריות, וירוסים, וירואידים, נמטודות,
חרקים ואקריות מזיקות. המעבדות פועלות בשיטות מולקולריות
וצמחים טרנסגניים לשם ביצוע איבחון. שרותי היעוץ ניתנים ע"י צוות
מומחים בעלי התמחות בנושאים הבאים: מחלות פטרייתיות
ובקטריאליות, מחלות ויראליות, וירואידים ופיטופלסמה, נמטודות,
חרקים ואקריות, חלזונות ומזיקים חולייתנים, עשבים רעים, צמחים
מהונדסים.
שרותי האיבחון והיעוץ ניתנים ליחידות האחרות של השרותים להגנת
הצומח ולביקורת, ליחידות שונות של משרד החקלאות ולכלל הציבור.