במדינת ישראל העיסוק בחקלאות אורגנית מוסדר בחקיקה, "החוק להסדרת תוצרת אורגנית, התשס"ה-2005".
החוק האורגני והתקנות להסדרת תוצרת אורגנית נכנסו לתוקפם ב- 01.09.08.
החוק קובע את התנאים להבטחת ייצור נאות של תוצרת אורגנית והטיפול בה, לרבות מכירתה, וכן את תנאי ההסמכה של גוף אישור ובקרה, שתפקידו לאמת כי העוסקים בחקלאות אורגנית פועלים בהתאם לחוק ולתקנות.
לצורך יישום החוק הקים מנהל השרותים להגנת הצומח ולביקורת מנהלת הסמכה הפועלת ע"פ תקןISO 17011 , תקן בינלאומי הקובע אמות מידה להסמכת גופי אישור ובקרה.
משמעות החוק היא, שרק עוסק שקיבל היתר מגוף אישור ובקרה,שהסמיך מנהל השרותים להגנת הצומח ולביקורת יוכל לסמן את תוצרתו בסמל הבקרה ובסמל האורגני האחיד של מדינת ישראל.
לוגו אורגני אחיד של מדינת ישראל
בנוסף, התקנות מסדירות גם את נושא מכירת התוצרת האורגנית. מקום ההצגה של תוצרת אורגנית חייב להיות מופרד ממקום הצגתה של תוצרת אחרת, ובמקום המכירה חייב להיות מוצב שלט שרשומות בו המילים "תוצרת אורגנית".
אכיפת החוק תיעשה על ידי מפקחים, עובדי השרותים להגנת הצומח ולביקורת שימונו על ידי שר החקלאות, על מנת שניתן יהיה לאכוף את התקנות ולהעמיד לדין את העוברים עליהן.